スペースコロニーへの移民が始まって数百年が過ぎた宇宙時代。地球圏の覇権をめぐる戦争は終わり、平和な時代が到来するかに思われた。しかし、その平和は突如出現した正体不明の敵によって、はかなくも崩れ去った――。
　ＡＧ（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）１０１年－。
　地球圏のスペースコロニー『エンジェル』が、突如出現した敵「ＵＥ（Ｕｎｋｎｏｗｎ Ｅｎｅｍｙ）」によって、住民もろとも消滅した。この大惨事『天使の落日』を境に、ＵＥは各コロニーへの襲撃を断続的に続けていく。
　ＡＧ１０８年－。
　スペースコロニー『オーヴァン』に住む７歳の少年フリット・アスノも戦火に巻き込まれて母親を失ってしまう。だが、その死の間際にアスノ家に伝わる小型メモリーユニット『ＡＧＥデバイス』を渡される。これには先祖が研究を重ねていた、未知の合金『Ｇ合金』の生成方法や、ＭＳ（モビルスーツ）の設計技術、『ＡＧＥシステム』の基本理念などが記録されていたのだった。母からＡＧＥデバイスを託されたフリットは、新たなモビルスーツの開発を志す。
　ＡＧ１１５年－。
　孤独の身となったフリットはスペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地に引き取られていた。１４歳になった彼は、連邦軍のＭＳ技術開発者バルガスとともに一体のモビルスーツを完成させる。それはデバイスの記録を元に、自己成長を重ねるコンピュータ『ＡＧＥシステム』を搭載したモビルスーツ『ガンダム』であった。
　そして、運命が決まっていたかのように『ノーラ』までもがＵＥの襲撃を受ける。フリットが乗り込んだガンダムは果たして、ＵＥに打ち勝つことができるのか―！？